La transizione del XX al XI secolo era stata caratterizzata per la Biblioteca nazionale dall'informatizzazione e dalla modernizzazione della biblioteca, nonché dalla ristrutturazione dell'edificio.
I due magazzini sotterranei sono il risultato di un masterplan del 1991 per un'utilizzazione ottimale della sede della BN. Oltre alla creazione di riserve di spazio, l'obiettivo consisteva nel modernizzare accuratamente l'immobile del 1930 - l'unico in Svizzera che rispecchia lo stile del Movimento moderno. Nel 2001 si è inaugurata la sede storica ristrutturata. Da allora la Biblioteca nazionale svizzera offre alla sua utenza un'infrastruttura tecnica aggiornata in generosi spazi di lavoro in parte storici e la BN dispone di riserve di spazio fino al 2038 circa.

Altri momenti chiave della storia recente della BN sono la creazione dell'Archivio svizzero di letteratura nel 199, l'inaugurazione del Centro Dürrenmatt di Neuchâtel nel 2000 e l'integrazione dell' Archivio federale dei monumenti storici nelle collezioni della BN nel 2007.
Nell'ambito del costante processo di adeguamento allo sviluppo tecnologico nel mondo bibliotecario svizzero e in virtù delle mutate esigenze dell'utenza, due eventi nel 2010 hanno assunto particolare rilevanza: la chiusura del Catalogo collettivo svizzero delle monografie e l'integrazione del catalogo online in swissbib, il primo metacatalogo delle università svizzere e della Biblioteca Nazionale.